所以这可能对您当前的问题没有帮助（或者也许有？），但也许其他看到它的人可以从中受益。
昨晚我也在更新我的网站时遇到了问题，收到了基本相同的错误消息：
Pups::ExecError: cd /var/www/discourse ....
我将原因归结为我编写的两个插件。当时我使用 Discourse Signature 插件作为样板代码来学习如何编写插件。因为我把它当作例子，所以我的两个插件也出现了这个阻止更新的问题：
在我的 yml 文件中注释掉插件行即可。移除插件仓库中相同的行也解决了问题，并允许我进行更新。