Обновление по моей конкретной ситуации… У меня всё ещё были файлы в /var/discourse/shared/standalone/uploads, хотя я уже переключился на S3 для хранения. Как только я удалил директорию ‘default’ в этой папке uploads, я создал резервную копию, и она успешно создалась только с базой данных (…sql.gz).
По какой-то причине (в моём случае) если в этой директории есть файлы, система игнорирует настройку НЕ включать загрузки в резервную копию и создаёт их всё равно.
Дайте знать, если для моей ситуации нужна дополнительная информация или уточнения. Похоже, что она немного отличается от ситуации автора оригинального поста.
В любом случае мне удалось обойти проблему, и теперь я могу успешно восстанавливать данные.