Un error muy menor y raro, lo comparto principalmente para otras personas que se encuentren con él.
Teníamos un foro donde las preguntas frecuentes (FAQ) no se marcaban como leídas para los usuarios. Después de una sesión de depuración muy, muy, muy larga, resultó que era porque esta FAQ específica terminaba con un enlace a otra publicación del foro.
Esa publicación se incrustó, provocando que un <aside class="quote">...</aside> estuviera presente en la página /faq, siendo el último elemento dentro de div.cooked, por lo que esto nunca se activó.
isElementInViewport(document.querySelector(".contents p:last-child"))
El problema se resolvió editando la FAQ y añadiendo un . en una línea vacía al final.