Lo siento, pero creo que no entiendo lo que quieres lograr.
Corrígeme si me equivoco:
Tienes dos logotipos: uno azul y otro blanco. El logotipo azul es para tu tema en una paleta de colores con fondo blanco. Y quieres que el logotipo blanco aparezca con un tema diferente que tenga una paleta de colores con un encabezado negro, ¿correcto?
Para que aparezca el logotipo del modo oscuro, debes crear la paleta de colores a partir de una de las paletas base oscuras (como “Dark” o “WCAG Dark”), luego ajustar los colores a tu gusto (encabezado negro, etc.) y asignar esa paleta a tu tema:
Además, puedes configurar tu paleta de colores en la configuración del sitio default dark mode color scheme id para que sea la paleta utilizada en el modo oscuro.