El logotipo, que es de color negro en un tema claro, se vuelve invisible al cambiar a un tema oscuro (de diseño material). Por lo tanto, sería conveniente poder establecer un logotipo específico para cada tema.
Puedes agregar uno para el tema oscuro en admin/site_settings/category/branding en la configuración. 
¡Fue tan trivial! ¡Gracias, Jammy! 