Désolé, mais je ne pense pas comprendre ce que vous souhaitez réaliser.
Corrigez-moi si je me trompe :
Vous avez deux logos : un bleu et un blanc. Le logo bleu est destiné à votre thème avec une palette de couleurs sur fond blanc. Et vous voulez que le logo blanc s’affiche avec un autre thème ayant une palette de couleurs avec un en-tête noir, c’est bien cela ?
Pour que le logo en mode sombre s’affiche, vous devez créer la palette de couleurs à partir de l’une des palettes de base sombres (comme Dark ou WCAG Dark), puis ajuster les couleurs à votre convenance (en-tête noir, etc.) et attribuer cette palette à votre thème :
Vous pouvez également configurer votre palette de couleurs dans le paramètre du site default dark mode color scheme id afin qu’elle soit utilisée pour le mode sombre.