Le logo, qui est de couleur noire dans un thème clair, devient invisible lors du passage à un thème sombre (Material Design).
Il serait donc pratique de pouvoir définir un logo spécifique pour chaque thème.
Vous pouvez en ajouter un pour le thème sombre dans admin/site_settings/category/branding dans les paramètres. 
C’était si trivial ! Merci, Jammy ! 