É um erro de configuração básica colocar o mesmo ID de código de rastreamento do Google em ambos esses campos?
Se for, qual desses campos é o correto para inserir o ID do código de rastreamento?
Sim. O código de rastreamento do Google deve ser adicionado à configuração do site ga universal tracking code.
A configuração do site ga universal auto link domains destina-se a ser uma lista de domínios. Ela é usada para rastreamento entre domínios. Essa configuração pode ser deixada vazia. Consulte [UA] Set up cross-domain measurement (analytics.js) [Legacy] - Analytics Help para detalhes sobre o que a configuração é usada.