No he revisado el código (edición: en años), pero mi suposición es que el problema es que la línea con la coma desnuda se está interpretando como el inicio de una firma, y por eso se está eliminando.
Claro. Revisa qué mensajes están causando el problema. Modifica el código para que no elimine los mensajes. El truco consiste en evitar que se elimine lo que quieres conservar, mientras sigues eliminando el desorden.
Si no deseas corregir el código tú mismo, puedes publicar en Marketplace.