Al ver en modo oscuro, las imágenes transparentes no funcionan muy bien.
¿Existe algún formato Markdown para establecer un color de fondo para una imagen o hay otra forma de manejarlo?
Esto no tiene realmente nada que ver con los temas. Consigue una imagen que tenga una transparencia definida correctamente (mezcla alfa, no codificada de forma rígida) o cambia las imágenes según el tema.
El logotipo de Discourse, por ejemplo, tiene que invertirse manualmente para funcionar en un tema oscuro: se convierte el negro en blanco, pero se dejan el resto de colores tal como están.
Si estás hablando de imágenes en publicaciones, puedes aplicar un color de fondo mediante CSS en la configuración de tu tema.
Por ejemplo:
.cooked img {
background-color: white;
}
Pero esto se aplicará a todas las imágenes.