Это невозможно. Вы должны запускать ./discourse-doctor точно так же, как запускаете ./discourse-setup. Вы запускаете ./discourse-setup, чтобы настроить SMTP, или редактируете app.yml вручную? Пересобираете ли вы (или запускаете ./launcher destroy app; ./launcher start app после внесения изменений)?