Это необходимо, чтобы у вас был доступ к резервным копиям через восстановление из командной строки до того, как вы восстановите саму резервную копию. В противном случае вам придется создать учетную запись администратора, затем настроить S3 и только потом выполнить восстановление. Аналогично, любые настройки, которые вы добавляете в базу данных, будут перезаписаны при восстановлении базы данных.
Я считаю, что наилучшей практикой является настройка S3 исключительно через переменные окружения в файле app.yml. Скорее всего, имеет смысл сделать эти настройки скрытыми, если бы не сотни пользователей, которые были бы удивлены, обнаружив, что они исчезли.