non è proprio solo il colore di sfondo, è anche la rimozione del contenitore di contenuto separato
quando la barra laterale e il contenuto sono in contenitori separati, è necessario un padding tra il contenuto e i bordi dei contenitori in entrambi
quando i contenitori vengono rimossi, è necessario solo spazio tra gli elementi, quindi si finisce per dimezzare il padding necessario
Sì, questo sembra un gap di 1px nelle media query da qualche parte, dovrebbe essere una correzione facile (modifica: ne ho appena unita una)