Você pode resolver isso se conseguir acessar o servidor via SSH.
Ah. Então você consegue acessar o servidor via SSH, então você ainda tem controle. Isso é bom.
Você provavelmente precisará encontrar uma maneira de consertar isso.
Você tem controle do DNS para o servidor? Se sim, você pode criar uma nova VM, fazer backup do site existente e transferir os dados para o novo servidor. Veja, por exemplo, Mover um site Discourse para outro VPS com rsync.
Se você não tiver controle do DNS, o melhor que você pode fazer seria mover o site para um novo nome de domínio.