ヘッダーのプライマリカラーは、Discourseのネイティブヘッダーにのみ適用され、最初のスクリーンショットに表示されている領域（カスタム部分）には適用されないと思います。
おそらく、CSSでカスタマイズする必要があります。
そこに行けば、このようなカスタマイズが必要になったときに役立つ情報が得られます。
また、こちらにも注意してください。