Puoi utilizzare uno dei modelli presenti nella cartella templates. Ad esempio, se desideri eseguire un server autonomo, usa semplicemente il file standalone.yml.
Per quanto ne so, quando non si è nel container, containers è una sottodirectory di /var/discourse; non esiste una directory /containers. Quindi, se non mi sbaglio, la riga “or edit /containers/app.yml manually” in INSTALL.md dovrebbe leggere “or edit containers/app.yml manually” o “or edit /var/discourse/containers/app.yml manually”.