Penso che probabilmente opterei per una configurazione multisito e creerei un sottodominio separato con il proprio Discourse per ogni community. Una singola istanza sarà sufficiente per iniziare, e quando avrai più utenti di quanti una singola istanza possa gestirne, avrai abbastanza entrate che non sarà un problema.
La configurazione descritta su Setup Multisite Configuration with Let's Encrypt and no Reverse Proxy è in realtà abbastanza semplice. Probabilmente aggiungerei i database in un modo diverso da come fa launcher, specialmente se li aggiungessi spesso, ma dovrebbe essere abbastanza buono per iniziare.
E se vuoi che ogni community sia il proprio mondo, allora potresti non aver bisogno o volere una singola fonte di autenticazione, quindi forse quello che vuoi è più facile di quanto pensassi inizialmente.
Non è chiaro se hai intenzione di iniziare con 20 siti o 2.000. Se sono 20, allora la soluzione di cui sopra è abbastanza buona; se sono 2.000, probabilmente vorrai qualcosa di più sofisticato.