¿Cómo cancelar la redirección automática al servir una sola instancia en dos dominios?

No puedo decirlo en mi teléfono.

Puedes buscar en la plantilla SSL para ver qué añade la redirección y luego añadir comandos similares para eliminarla. Creo que Configurar la configuración multisitio con Let’s Encrypt y sin proxy inverso elimina la redirección.