Creo que app.yml se encuentra en /var/discourse/containers/app.yml. Deberás editar ese archivo y eliminar cualquier referencia al plugin. Deberías poder encontrar algo similar a lo siguiente en el archivo:
## Los plugins van aquí
## consulta https://meta.discourse.org/t/19157 para más detalles
hooks:
after_code:
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- git clone https://github.com/discourse/docker_manager.git
- git clone https://github.com/discourse/discourse-jwt.git
- git clone https://github.com/zh99998/discourse-cross-origin.git
Cada una de las líneas de git clone allí se refiere a un plugin instalado en la instancia de Discourse. Después de editar el archivo, deberás reconstruir tu aplicación de Discourse. Desde la carpeta /var/discourse, puedes ejecutar ./launcher rebuild app para reconstruir tu aplicación de Discourse.