Solo mi opinión, y sin restar valor a los comentarios útiles aquí sobre las copias de seguridad, pero reflexionando un poco: no estoy seguro de que valga la pena mucho esfuerzo sincronizar instalaciones de Discourse.
A menos que tengas la intención de enviar contribuciones (PR) al núcleo de Discourse, desarrollar plugins o componentes de tema (TC) es lo más recomendable y te ofrece la solución más robusta y eficiente para la personalización.
Lo fundamental al desarrollar plugins y componentes de tema es que se implementarán en múltiples instancias de Discourse, sobre las cuales, en cualquier caso, es posible que no tengas control.
Por lo tanto, tener una instancia local de Discourse ligeramente única para el desarrollo está perfectamente bien (dentro de lo razonable).
El flujo de trabajo clave debería consistir en mantener el plugin o el TC actualizado en un repositorio compartido, muy probablemente en GitHub.