Minha opinião, e sem tirar o mérito dos comentários úteis aqui sobre backups, mas dando um passo atrás: não tenho certeza se vale a pena muito esforço sincronizar instalações do Discourse.
A menos que você pretenda contribuir com PRs no núcleo do Discourse, desenvolver plugins ou Componentes de Tema (TCs) é o caminho a seguir e oferece a solução mais robusta e eficiente para personalização.
O ponto principal ao desenvolver Plugins e Componentes de Tema é que eles serão implantados em várias instâncias do Discourse, sobre as quais você pode não ter controle, de qualquer forma.
Portanto, ter uma instância local do Discourse ligeiramente única para desenvolvimento é totalmente aceitável (dentro do razoável).
O fluxo de trabalho principal deve envolver manter o plugin ou TC atualizado em um repositório compartilhado, muito provavelmente no GitHub.