La configuración es persistente y estás trabajando solo, ¿entonces por qué la necesidad de centrarse en la copia de seguridad/sincronización?
(también el título del tema es confuso, ¿por qué “en un equipo”?)
Cuando haces clonación o checkout, no borras la base de datos (donde se guarda la configuración).
Tienes el control de cuándo ejecutar las migraciones (si existen). De lo contrario, la BD debería ser estable.