As configurações são persistentes e você está trabalhando sozinho, então por que a necessidade de focar em backup/sincronização?
(além disso, o título do tópico é confuso, então por que “em uma equipe”?)
Ao clonar ou fazer checkout, você não limpa o banco de dados (onde as configurações são armazenadas).
Você tem o controle de quando executar as migrações (se houver alguma). Caso contrário, o banco de dados deve permanecer estável.