Спасибо! Если бы у вас не хватало памяти, значения в кэше были бы малы, а при интенсивной подкачке столбцы si и so были бы велики. Но в данном случае это не так.
Мы видим значительный пик в bi и bo, что обычно указывает на активность диска. Интересно, не происходит ли где-то сборка, восстановление или сканирование чего-либо.
Попробуйте запустить
ps auxrc
каждые пять секунд в течение минуты или около того, чтобы попытаться поймать активный процесс в момент его работы.
Существуют и другие утилиты, которые могут быть еще не установлены: возможно, стоит поискать «Как мониторить ввод-вывод диска в системе Linux» или что-то подобное.
Стоит отметить, что если у вас есть сомнения в целостности вашей системы, самым быстрым решением может стать её восстановление из резервной копии. Но обязательно имейте копию резервной копии в другом месте, а лучше две, на случай аварии. И, в идеале, выполните установку на новом экземпляре, оставив существующий в рабочем состоянии, пока новый не заработает корректно.