Tienes razón, no revisé todos mis dominios. Asumí que todos estaban afectados, pero el que tiene Discourse se puede ignorar.
Dicho esto, también he descubierto cómo forzar la renovación:
cd /var/discourse./launcher enter app"/shared/letsencrypt"/acme.sh --cron --home "/shared/letsencrypt" --forceexit
No sé si hay una forma más directa, pero funcionó después de actualizar la caché del sitio web.