Вы можете использовать любой удобный способ копирования исходного кода из любого места в директорию discourse/plugins. Если вам не нравится git clone, вы можете использовать rsync или cp -a. Просто скопируйте свой плагин в вашу виртуальную машину любым способом и добавьте команду для копирования таким образом, как это делает git clone.