Como señala Bhanu, es una configuración de todo el sitio, no una preferencia del usuario.
No me resulta molesto con los hábitos que he desarrollado. Al leer para informarme, generalmente ignoro las listas desplegables de Respuestas en la primera pasada, al menos. La gente usa el botón de responder al tema lo suficiente como para que las respuestas a respuestas no siempre estén “en hilo” de todos modos.
(He modificado las etiquetas de los botones con la esperanza de fomentar mejores prácticas).