Хорошая сторона того, что эти настройки прописаны в app.yml, заключается в том, что для восстановления вашего сайта на новом сервере достаточно только этого файла; после этого вы можете установить свежую версию Discourse и выполнить:
./launcher enter app
discourse enable_restore
discourse restore
а затем скопировать и вставить резервную копию, которую нужно восстановить.
Тогда это не проблема Discourse. Существует множество инструментов для выполнения этой задачи, поэтому поищите что-то вроде «перенос данных между бакетами S3». Я использую s3cmd, хотя причины уже не помню.