Hola,
Creo que las miniaturas se generan por defecto con ancho máximo de imagen y alto máximo de imagen. Si la imagen subida es más pequeña que estos valores, no se creará la miniatura.
Si quieres deshabilitar la creación de miniaturas, desmarca esta configuración. Solo deshabilitará la miniatura para futuras subidas, sin importar el tamaño de la imagen.
No encontré información relevante sobre cómo deshabilitar las miniaturas de subidas anteriores, pero si te basta con ocultarlas con CSS simple. Esta solución alternativa podría funcionar. 
General / CSS
.cooked {
.lightbox-wrapper {
a.lightbox {
pointer-events: none; // Deshabilita todos los eventos de clic en la imagen
&:hover {
box-shadow: none;
}
.meta {
display: none;
}
}
}
}