Quiero añadir un <script> dentro del tema, para personalizar el enlace del logo de inicio, ¿puedo hacerlo desde la configuración de administrador a través del navegador? ¿o debo indagar en los archivos del servidor? ¿alguna idea?
Hola 
Puedes hacerlo cambiando la configuración del logo de inicio con la API. 
¿Puedes enviarme un enlace de cómo implementar esto?
Por favor, vea el tema que adjunté a mi respuesta. Todo explicado muy bien en ese tema.