No puedes hacerlo a la ligera. Let’s Encrypt te limita a 10 certificados por semana, así que tendrás que esperar para usar estos dominios en una nueva instalación.
Esa es la solución sencilla. Una solución más complicada es seguir Configurar Let’s Encrypt con múltiples dominios para agregar otro dominio a la solicitud de Let’s Encrypt, lo que te permitirá sortear el límite de velocidad que alcanzaste (ya que solicitar forum.x.com y silly.x.com cuenta como una solicitud diferente). Sin embargo, esto requiere algunos cambios cuidadosos en tu app.yml y en tu configuración de DNS, que es lo que te metió en el problema en el que estás. Si puedes esperar una semana, simplemente espera y vuelve a compilar cuando el tiempo haya transcurrido.