Cloudflare не сломан, проблема в вашей реализации.
Let’s Encrypt не выдаст сертификат, пока CloudFlare выступает в роли прокси. Это блокирует прохождение проверки.
Вы не можете использовать какие-либо их функции «оптимизации производительности» с Discourse, так как они изменяют уже минифицированный код.
Cloudflare может сделать для вас только одно: скрыть ваш IP-адрес и работать как CDN для ваших файлов. Преимущества минимальны.