Si has instalado un fork desde GitHub, necesitarías hacer cambios en ese fork en GitHub para poder actualizar tu tema de Discourse…
Si instalaste el tema original y luego lo bifurcaste, necesitarías reinstalar la versión bifurcada del tema.
Estos no deberían ser relevantes, aunque si el repositorio está configurado como privado en GitHub, necesitarás tomar más medidas para instalar el tema: Installing a theme from a private Git repository