Específicamente, recomendaría ejecutar
du -kx / | sort -n | tail -49
o similar, en tu servidor, como root. Necesitas una táctica que observe lo que realmente está sucediendo, sin suposiciones.
Mientras estás en la línea de comandos, sugeriría
df -mT
free
E incluso
docker system df
docker images
Me preocupa lo que dices sobre las copias de seguridad. Hay dos tipos de copias de seguridad: el tipo normal que incluye archivos adjuntos y el tipo ligero que los excluye. Deberían tener tamaños diferentes. Tendrás alguna opción configurada de copias de seguridad automáticas programadas. Me parece posible que las copias de seguridad automáticas se realicen cuando hay espacio, y eso llena el espacio.
Te recomiendo que examines bien los archivos antes de eliminarlos: cuál es la fecha y la hora, cuál es el tamaño. Eso ayudará a determinar cómo llegaron a existir.
Vale la pena señalar que eliminar un archivo abierto hará que deje de aparecer en la lista, pero no se eliminará hasta que se cierre. Por lo tanto, incluso es posible que veas una imagen diferente después de reiniciar el servidor.