Als ich das letzte Mal zu einem anderen Hosting-Anbieter gewechselt bin, hatte ich auch Probleme mit S3 bei der Wiederherstellung. Deshalb habe ich danach gefragt, und die Antwort war: Ja. Wenn du deine Bilder in S3 speicherst, musst du das Backup ohne Uploads erstellen. Nur die Datenbank. Ich weiß aber nicht, ob das in deinem Fall die Lösung ist. Wenn du es ausprobierst, erstelle vorher unbedingt einen Snapshot.
Mehr dazu findest du hier: Restore a backup from the command line - #28
Ich habe es gerade ausprobiert, und es hat problemlos funktioniert. 