La última vez que cambié a otro proveedor de alojamiento, también tuve problemas con S3 al restaurar. Por eso pregunté al respecto y la respuesta fue afirmativa. Si almacenas tus imágenes en S3, debes hacer la copia de seguridad sin incluir las subidas; solo la base de datos. Sin embargo, no sé si esta es la solución adecuada en tu caso. Si decides probarlo, crea antes una instantánea.
Puedes ver más información aquí: Restore a backup from the command line - #28
Yo lo probé y funcionó perfectamente sin ningún problema. 