L’ultima volta che ho migrato verso un altro provider di hosting ho avuto problemi anche con S3 durante il ripristino. Quindi ho chiesto informazioni e la risposta è stata sì. Quando archivi le immagini su S3, devi eseguire il backup senza includere gli upload. Solo il database. Ma non so se nel tuo caso questa sia la soluzione. Se decidi di provarlo, crea prima uno snapshot.
Puoi vedere maggiori informazioni qui: Restore a backup from the command line - #28
L’ho appena provato e ha funzionato perfettamente senza alcun problema. 