Na última vez que migrei para outro provedor de hospedagem, também tive problemas com o S3 ao restaurar. Por isso, perguntei sobre isso e a resposta foi sim. Quando você armazena suas imagens no S3, precisa fazer o backup sem os uploads. Apenas o banco de dados. Mas não sei se essa é a solução no seu caso. Se for tentar, crie um snapshot antes.
Você pode ver mais aqui: Restore a backup from the command line - #28
Acabei de testar e funcionou perfeitamente, sem nenhum problema. 