Hola @bekircem,
Creo que reinstalarlo habría solucionado el problema de que cloudflared no encontrara el certificado…
Con respecto a la ejecución de Cloudflare como un servicio, el archivo de configuración que creaste al ejecutar el servicio manualmente deberá moverse a /etc/cloudflared.
No estoy seguro de enlazar sitios personales aquí, así que por favor házmelo saber si necesito eliminar esto, pero lo he cubierto en uno de mis blogs bajo la sección llamada: ‘Configurar y ejecutar Cloudflared como un servicio’
¡Cuéntanos cómo te va!
Alex.