@bekircemさん、こんにちは。
cloudflared が証明書を見つけられない問題は、再インストールで解決したと思います。
Cloudflare をサービスとして実行することに関してですが、サービスを手動で実行した際に作成した設定ファイルは /etc/cloudflared に移動する必要があります。
個人的なサイトをここにリンクすることについては不明なため、削除が必要な場合はお知らせください。私のブログの1つで、「Setup and Run Cloudflared as a Service」というセクションで説明しています。
結果をお知らせください！
Alexより。