Olá @bekircem,
Acho que reinstalar teria resolvido o problema do cloudflared não encontrar o certificado…
Em relação à execução do Cloudflare como um serviço - o arquivo de configuração que você criou ao executar o serviço manualmente precisará ser movido para /etc/cloudflared.
Não tenho certeza sobre vincular sites pessoais aqui, então, por favor, me avise se eu precisar remover isso, mas eu cobri isso em um dos meus blogs na seção chamada: ‘Configurar e Executar o Cloudflared como um Serviço’
Nos diga como você se sai!
Alex.