Установка без поддомена не работает

Let’s Encrypt не заменит существующий сертификат, пока запрос, его генерирующий, соответствует содержимому текущего сертификата. Если вы измените имя хоста или модифицируете запрос, добавив альтернативные имена, то сертификат будет заменён.