Sí, puedes usar una subcarpeta, pero realmente no se recomienda. Añade mucha complejidad y la mayoría de la gente no cree que usar una subcarpeta tenga ventajas SEO, hasta donde yo sé. Dicho esto, creo que algunos clientes alojados tienen subcarpetas, así que debería funcionar.
Consulta Soporte de subcarpetas con Docker para más información.