markvanlan 氏はすでに以下のように少し触れています：
これに付け加えると：
核心的な問題：共有されたコンテンツと、分岐するメンタルモデルです。2 人のユーザーが同じトピックを異なる構造で見る瞬間、会話の基盤となる共有参照が崩れてしまいます。
返信の動作の違い：ユーザー A（ネスト表示）が「前のコメントで指摘されたように…」と書いた場合、ユーザー B（線形表示）には、どの分枝が折りたたまれているかによって、そのコメントが 3 つ前か 15 つ前か、あるいは「前のコメント」自体が見えないことがあります。つまり、投稿者が自分の投稿が他者にどのように見えているかを確認できなくなる可能性もあります。
パーマリンクと投稿番号の不一致：投稿の順序が表示モードに依存する場合、/t/topic/123/47 はユーザーによって異なる投稿を指すか、あるいは同じ投稿であっても位置が全く異なって表示されることになります（現在の実装がどうなっているかは不明ですが、いずれにせよ理想的ではありません）。
他にも多くの問題があることは間違いありません。
結論として：会話は共有されるものであり、良好なコミュニケーションを促進するためには、誰にとっても同じ構造で提供されるべきです。