O Mark já aborda um pouco isso com:
E eu acrescentaria:
O problema central: conteúdo compartilhado, modelos mentais divergentes. No momento em que dois usuários veem o mesmo tópico estruturado de forma diferente, você quebra a referência compartilhada da qual a conversa depende.
A resposta funciona de maneira diferente: Quando o Usuário A (aninhado) escreve „como observado no comentário anterior…“, o Usuário B (linear) não vê nenhum comentário anterior, pois é uma postagem que está três posições acima, ou quinze, dependendo de qual ramo está recolhido. Isso também significa que um autor não pode mais ter certeza de como sua postagem é vista pelos outros.
Links permanentes e números de postagem divergem: Se a ordem das postagens depende do modo de visualização, então /t/topic/123/47 ou significa postagens diferentes para usuários diferentes, ou significa a mesma postagem, mas aparece em posições completamente diferentes. (Não tenho certeza de como isso é implementado atualmente — de qualquer forma, não é ideal)
E tenho certeza de que há mais problemas.
Tudo se resume a isso: uma conversa é compartilhada e, para promover uma boa comunicação, deve, portanto, ser estruturada da mesma forma para todos.