あなたの直感は完全に正しいと思いますし、それが最終的な現実になるでしょう。投票、AMA（Ask Me Anything）、「乳製品日記スタイル」など、ユースケースは非常に多いです。これらそれぞれには、まだ存在しない新しい設定に加えて、これらの設定に対して独自のパラメータが必要になるでしょう。
カテゴリごとにこれらの設定を個別に実装することは、技術的には容易です。ただし、管理者が複雑に感じることなく、直感的に設定できるようにすることが重要です。
その前に、目立つ問題として、特定のカテゴリ内の既存トピックをすべてネスト形式に後から適用する手段が現状存在しないという点があります（UI上での話です。サーバーに直接アクセスすれば可能です）。カテゴリでネストを有効にしても、それは新しいトピックにのみ影響し、既存のトピックには適用されません。