He tenido problemas con Docker en sistemas solo IPv6 en el pasado relacionados con la falta de NAT, ya que Docker a menudo usa direcciones IP que solo son accesibles desde el host, pero Docker no configura automáticamente NAT para IPv6.
El archivo Léeme de este repositorio describe ese problema con más detalle: GitHub - robbertkl/docker-ipv6nat: Extend Docker with IPv6 NAT, similar to IPv4