Есть ли способ очистить скопированные ссылки на изображения?

Думаю, это ожидаемое поведение. Задача замены внешноссылаемых изображений меняет встроенную ссылку на изображение, которая, если я правильно понял, в вашем примере преобразуется в вариант upload://, но если она находится внутри ссылки, сама ссылка сохраняется.