Embora essa maneira de fazer as coisas seja tecnicamente possível, não é a abordagem ideal.
Em vez de usar tags <script> e o jQuery $(document).ready, seria melhor trabalhar corretamente com o sistema de renderização do Ember.
Para começar, seria bom criar um repositório para o componente do tema com uma estrutura de pastas adequada para o seu componente de tema. Dê uma olhada no discourse_theme CLI, pois ele irá gerar essa estrutura para você, facilitando o desenvolvimento do componente. (Como alternativa, há também o esqueleto do tema se você precisar apenas da estrutura e não das outras funcionalidades do CLI do tema).
A partir daí, eu usaria ferramentas que o Discourse oferece para extensibilidade, como apiInitializers, a pluginAPI, outlets de plugins, etc., para alcançar o que você está tentando fazer.
A melhor maneira de aprender sobre esses recursos é revisar os Guias do Desenvolvedor aqui no Meta (especificamente as seções de tema/componente de tema). Além disso, eu percorreria a categoria Customization > Theme component e encontraria os repositórios do GitHub deles. Analisar o código deles e como eles conseguem realizar as coisas também será útil para você.
Espero que isso ajude!