ついに理解しました。サブカテゴリを使うのは初めてでした。親カテゴリからトピックを移動してサブカテゴリに入れたところ、親カテゴリは自分自身のトピックのみを表示し、サブカテゴリのトピックは表示しないものだと思い込んでいました。そのため、サブカテゴリと親カテゴリの間にトピックの重複が生じていたのです。
結局、サブカテゴリのメリットはあまり見当たりません。関連するトピックにラベル（サブカテゴリを表すもの）を付け、後でフィルタリングして見つけるだけで十分だからです。親カテゴリは自分自身のトピックのみを表示し、サブカテゴリのトピックは表示しないものだと思っていました。